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「咳嗽に関するガイドライン」では咳嗽を症状の持続期間に応じて次の3つに分類しています。

（「咳嗽に関するガイドライン」より引用）

急性咳嗽：症状出現から3週間以内の咳のことをいいます。
遷延性咳嗽：3-8週間持続する咳のことをいいます。
慢性咳嗽：8週間以上持続する咳のことをいいます。

急性咳嗽の多くは呼吸器感染症が原因となります。咳嗽の持続期間が長くなるにつれて感染症以外の原因による遷延性、慢性咳嗽の頻度が増加します。

慢性的な咳が持続している場合、まずは重篤な疾患が隠されていないかどうかを確認します。このときには胸部レントゲン写真を撮影します。胸部レントゲンで異常を認める疾患としては肺癌、肺結核、肺炎、うっz 性心不全、胸膜炎、気胸などがあります。まずは、胸部レントゲンでこれらの疾患がないかどうかを確認します。

次に咳を呈する呼吸器疾患以外の原因がないかどうかを確認します。「胃食道逆流症」「高血圧治療薬（ACE阻害薬）の内服」「副鼻腔炎による後鼻漏」が原因としてあげられますので、これらの要因がないかどうかをみます。
①胃食道逆流症：胃酸が食道に逆流することによって起こります。症状としては胸焼けを伴います。食後に咳が悪化する、体重が増えると咳が増加するという特徴があります。
②高血圧治療薬としてのACE阻害薬の内服：高血圧の治療薬としてACE阻害薬を内服している場合に痰を伴わない咳を認めることがあります。この場合にはACE阻害薬の内服を中止すると咳嗽は改善します。
③副鼻腔炎（蓄膿症）：膿性痰、後鼻漏（鼻の奥の方にいつも鼻水が流れている感じを自覚すること）、副鼻腔の痛みを自覚することがあります。

以上のことが除外できれば、慢性咳嗽を呈する呼吸器系の疾患として原因をさぐっていくことになります。一般的には「気管支喘息」「慢性気管支炎」「かぜ症候群後の咳嗽」「副鼻腔気管支症候群」「咳喘息」「アトピー咳嗽」「その他の原因」に分類されます。
①慢性気管支炎：現在喫煙をしていて痰を伴う咳を認める場合には慢性気管支炎を疑います。禁煙によって症状は改善します。
②かぜ症候群後の咳嗽：咳が2-3週間続いているという患者さんでは、「かぜ症候群」が原因となっている場合が最も多いケースです。この場合、咳とともに発熱、咽頭痛、痰、関節痛、頭痛などの感冒症状を認めているかどうかが大事な所見になります。通常は４週間以内に自然軽快傾向がみられるので、この点が診断のポイントになります。
③副鼻腔気管支症候群：呼吸困難を伴わない咳嗽（しばしば湿性）を認めます。後鼻漏、鼻汁および咳払いといった副鼻腔炎症状を認めます。マクロライド系抗菌薬や去痰剤が有効です。
④咳喘息：気道の過敏性（いろいろな刺激に対する反応性）が亢進し咳を認めるようになります。気管支喘息のようにヒューヒューぜいぜいといった息苦しさを自覚することはありませんが、慢性的に咳を認めます。気管支喘息の亜型あるいは前段階と位置づけられ、場合によっては気管支喘息に移行する方もいらっしゃいますので注意が必要です。
⑤アトピー咳嗽：アトピー素因に関連し、気管支拡張薬がまったく無効な慢性乾性咳嗽を特徴としています。気管支喘息への移行は認められません。